根据教育部《关于完善研究生教育投入机制的意见》（财教〔2013〕19号）文件要求,所有纳入全国研究生招生计划的研究生均需缴纳学费。
上海海洋大学全日制培养方式的硕士生各专业学费标准为6000～8000元/生/年；非全日制培养方式的硕士生：农业硕士20000元/人。MPA（学制２年）收费标准：25000元/年。具体见上海海洋大学研究生学费标准。http://xxgk.shou.edu.cn/2014/0514/c8071a200356/page.htm
学校在设立国家奖学金、国家助学金、学业奖学金、“三助”及相关配套政策措施的研究生奖助体系。具体学费及资助情况按上海海洋大学相关文件规定执行。