福建医科大学各类型硕士研究生学制均为3 年。学习成绩优秀者可按福建医科大学相关规定申请提前毕业。

依据国家有关文件规定，研究生须按学年缴纳学费。硕士研究生学费标准为每人每学年8000 元。福建医科大学设置各类奖助政策，

1.研究生入学奖学金：奖励对象为被福建医科大学录取的应届推免生，每生20000-60000 元。

2.研究生国家助学金：专业学位型硕士研究生10800 元/学年；学术学位型硕士研究生12000 元/学年；基础医学和生物学研究生15600 元/学年。

3.研究生学业奖学金：覆盖面为学生总数的50%。硕士研究生学业奖学金标准为 2500—5000 元/生/学年。

4.研究生国家奖学金：硕士研究生20000 元/生/学年。

5.协和奖学金：6000 元/生/学年，其中特等奖10000 元/生/学年。

6.联邦医学教育奖学金：2000 元/生/学年。

以上各项奖学金奖励对象详见学校网页《福建医科大学研究生收费标准、国家助学金和学业奖学金标准》。部分培养单位（医院）还根据自身财力情况给研究生发放不同数额的生活补助，最高达3000 元/月（具体详见研究生院网站）。学校还统筹利用科研经费、学费收入、社会捐助等资金，设置研究生助教、助研、助管岗位和津贴，加大对“三助”岗位的津贴资助力度；对于经济困难学生采取减免学费、发放临时困难补助，开辟入学“绿色通道”等方式，加大资助力度。