南京审计大学学术学位硕士研究生采用全日制学习形式，基本学制为3年，学费标准为每人每学年8000元，最终收费以上级部门批复为准。
南京审计大学设置各类全日制研究生奖助学金：
国家奖学金2万元/年，审计长奖学金1万元/年，国家助学金0.6万元/年；学业奖学金一等1.2万元/年、二等0.9万元/年、三等0.6万元/年、学业奖学金单项每项0.2万元/年；“三助”岗位酬金约500元/月，详见南京审计大学研究生院网站。