南京大学向纳入全国研究生招生计划的所有全日制硕士生（有固定工资收入的除外）提供助学金（0.6 万元/年）以及学业奖学金（0.6-1.2 万元/年）；优秀硕士生可申请国家奖学金（2 万元/人）、学校及社会捐赠各种冠名奖学金。非全日制研究生不享受助学金、学业奖学金和国家奖学金。此外，学校设有校内研究生“三助一辅”岗位和多种创新项目资助。全日制研究生还可申请国家信用助学贷款（国家开发银行生源地信用助学贷款、中国银行校园地信用助学贷款）。