北京协和医学院为教育部双一流学科建设高校，为财政部6 所“小规模特色高校”的试点学校之一，硕士基本助学金不低于 1500 元/ 月（覆盖面100%），学业奖学金不低于10000、8000、5000 元/学年（覆盖面及金额的上调，以当年学校奖助政策为准），国家奖学金（每生每年20000 元，覆盖面由国家制定）、其他岗位助学金、奖金不含在内。
所有推免硕士生均享受新生奖学金，8000 元/生。
所有普通统考生均享受新生奖学金：硕士3000 元/生。